FREE & OPEN RESEARCH PLATFORM
Amazonian Actives,
from Molecule to Candidate
GAIA is an integrated platform for computer-aided drug discovery: ADMET prediction, molecular docking, re-docking validation, molecular dynamics and AI-driven generation of new derivatives — with a focus on Amazonian biodiversity and neglected diseases.
Cada arquivo vira uma molécula da triagem (o rótulo é o nome do arquivo, sem a extensão). MOL2, SDF, MOL e PDB passam pelo mesmo preparo de sempre (protonação, cargas, conformação); PDBQT já é o formato de entrada do Vina e não precisa de nada disso. Pode misturar formatos no mesmo envio.
Nome do trabalho
Uma triagem de docking pode levar horas. Assim que ela abre, o trabalho ganha um link permanente aqui embaixo: pode fechar a aba e voltar por ele quando quiser.
A planilha final sempre traz os resultados de TODA molécula da lista. Isto só decide se o material bruto por trás de cada uma (a pasta inteira do Vina, com as poses; ou o JSON cru do ADMET-AI) também fica guardado — numa biblioteca de milhares de moléculas, guardar de todas costuma esgotar o disco sem necessidade, já que o que de fato se usa depois é a planilha e, no máximo, as poucas moléculas mais promissoras.
Buscando os trabalhos gravados neste servidor. A descrição da plataforma, a metodologia e os autores ficam na seção azul, no alto da página.
ETAPA 01Validação da estrutura
Descritores físico-químicos e a regra dos cinco de Lipinski, calculados pelo RDKit.
ETAPA 02Perfil ADMET
Absorção, distribuição, metabolismo, excreção e toxicidade preditos pelos modelos locais.
ETAPA 03QSAR
Quais propriedades separam as moléculas que funcionam das que não funcionam, no mesmo ensaio.
ETAPA 04Validação do protocolo
Re-docking de ligante co-cristalizado e RMSD contra a pose de raio-X.
ETAPA 05Docking molecular
Encaixe da molécula no sítio de ligação de uma proteína-alvo, com AutoDock Vina.
ETAPA 06Dinâmica molecular
Simula a pose de docking em água explícita e mede se ela se sustenta.
ETAPA 07Derivados inéditos
Variações que preservam o farmacóforo e não constam em PubChem, ChEMBL ou ZINC.
ETAPA 08Análise retrossintética
Dá para fazer? SAscore e desconexões dos derivados, com os reagentes usuais de cada ligação.
ETAPA 09Farmacologia de redes
Que alvos ligam esta molécula a esta doença? Alvos, rede de interações e vias em comum. Padrão: Lupeol e leishmaniose.
Sobre este projeto
Esta plataforma integra a Tese de Doutorado de Douglas Emanuel Mota de Souza, desenvolvida no Programa de Pós-Graduação em Inovação Farmacêutica (PPGIF) da Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCF) da Universidade Federal do Amazonas (UFAM).
- Autor principal
- Douglas Emanuel Mota de Souza Doutorando · PPGIF/FCF/UFAM Currículo Lattes ORCID 0009-0001-9409-8701
- Orientação
- Profa. Dra. Fernanda Guilhon-Simplicio PPGIF/FCF/UFAM Currículo Lattes ORCID 0000-0001-9528-746X
- Iniciação científica
- Micael Davi Lima de Oliveira Currículo Lattes ORCID 0000-0002-1832-0542 Odoiza Naftaly Magalhães da Silva Lins Currículo Lattes
- Ferramentas de terceiros
- AutoDock Vina · RDKit · ADMET-AI · 3Dmol.js Caixa de busca pelo método LaBOX (RyanZR, MIT)
Quatro pessoas, em Manaus.
Documentação técnica da API em /docs